Weil du das letzte mal sehr wahrscheinlich auf deinem iPad mit deinem nierdrigen Level gespielt hast und sich dieser Spielstand mit deinem GameCenter synchronisiert hat. Sprich deine niedrigen Level-Daten wurden im Gamecenter hinterlegt. Da deine Level-Daten eh schon lokal auf deinem iPad hinterlegt sind, fragt dich das iPad nicht den Spielstand zu laden.
Da du auf deinem iPhone mit deinem hohen Level gespielst hast und ergo diese Daten auf deinem iPhone hinterlegt sind, frag das GameCenter dich natürlich, ob du deinen letzten hinterlegten Spielstand (niedriger Level vom iPad) laden willst.
Dennoch frage ich mich, wie du es geschafft hast 2 BoomBeach Accounts über einen GameCenter-Account laufen zu lassenß? Kann es vielleicht sein, dass du auf dem iPad zunächst ohne GameCenter Login angefangen hast zu spielen?